Kota Kinabalu menampilkan seni bina Islam yang mengkagumkan termasuk Masjid Negeri dan Masjid Bandaraya, kedua-duanya mempamerkan reka bentuk Islam moden dengan kubah biru yang menarik yang memantulkan Laut China Selatan berdekatan. Bandar ini telah berkembang sebagai pusat Islam yang penting di Sabah, dengan hubungan sejarah yang signifikan dengan kesultanan Islam Brunei dan penempatan Muslim awal di Borneo Utara. Komuniti Muslim yang pelbagai, termasuk Melayu, Bajau, dan kumpulan etnik lain, mengekalkan tradisi Islam yang kaya melalui jemaah masjid yang aktif dan institusi pendidikan Islam.