تیمبوکتو به عنوان یکی از مهم‌ترین مراکز اسلامی آفریقا شناخته می‌شود و خانه مسجد و دانشگاه معروف سانکوره است که از قرن چهاردهم تا شانزدهم میلادی به عنوان مرکز بزرگ آموزش اسلامی خدمت می‌کرد. سه مسجد بزرگ این شهر - سانکوره، جینگوریبر و سیدی یحیی - نمونه‌های برجسته معماری سودان-ساحل هستند که با خشت گلی ممتاز ساخته شده‌اند. تیمبوکتو به عنوان میراث جهانی یونسکو، هزاران نسخه خطی اسلامی باستانی را حفظ کرده و میراث خود را به عنوان تلاقی دانش، تجارت و عبادت اسلامی در غرب آفریقا حفظ می‌کند.