فرغانہ میں کئی تاریخی مساجد ہیں جن میں خوبصورت سعید احمد خواجہ مسجد شامل ہے، جو فرغانہ وادی کے روایتی اسلامی فن تعمیر کے عناصر کو پیش کرتی ہے۔ یہ شہر صدیوں سے ایک اہم اسلامی مرکز رہا ہے، جو شاہراہ ریشم پر اسلامی تعلیم اور تجارت کے مرکز کے طور پر خدمات انجام دیتا رہا ہے۔ مقامی مسلم کمیونٹی روایتی اسلامی رسم و رواج کا اطلاق جاری رکھے ہوئے ہے اور مذہبی تہواروں اور ثقافتی روایات کے ذریعے اپنی بھرپور اسلامی ورثے سے مضبوط تعلقات برقرار رکھتی ہے۔