کوتا کینابالو میں متاثر کن اسلامی فن تعمیر موجود ہے جس میں ریاستی مسجد اور شہری مسجد شامل ہیں، دونوں جدید اسلامی ڈیزائن کو ظاہر کرتے ہیں جن میں قریبی جنوبی چین سمندر کو منعکس کرنے والے شاندار نیلے گنبد ہیں۔ یہ شہر صباح میں ایک اہم اسلامی مرکز کے طور پر بڑھا ہے، جس کے برونائی کی اسلامی سلطنت اور شمالی بورنیو میں ابتدائی مسلم بستیوں کے ساتھ اہم تاریخی روابط ہیں۔ متنوع مسلم برادری، جس میں ملے، باجاؤ، اور دیگر نسلی گروپ شامل ہیں، فعال مسجد کی جماعات اور اسلامی تعلیمی اداروں کے ذریعے بھرپور اسلامی روایات کو برقرار رکھتی ہے۔