Mombasa, muhteşem Mandhry Camii ve İslami-Swahili mimarisinin harmanlandığı tarihi Fort Jesus bölgesi ile Doğu Afrika'nın önde gelen İslami miras merkezi olarak durmaktadır. Şehrin İslami kökleri, sahil boyunca gelişen Müslüman toplulukları kuran Arap ve Fars tüccarları aracılığıyla bin yıldan fazla geriye uzanmaktadır. Bugün Mombasa, zengin Swahili kültürünü ve İslami gelenekleri koruyan ve bölgenin müminleri için manevi bir merkez olarak hizmet veren canlı Müslüman çoğunluk nüfusunu sürdürmektedir.