Fergana abrite plusieurs mosquées historiques, notamment la belle mosquée Said Ahmad Khoja, présentant des éléments architecturaux islamiques traditionnels de la vallée de Fergana. La ville a été un centre islamique important pendant des siècles, servant de plaque tournante pour l'érudition islamique et le commerce le long de la Route de la Soie. La communauté musulmane locale continue de pratiquer les coutumes islamiques traditionnelles et maintient des liens forts avec son riche patrimoine islamique à travers des festivals religieux et des traditions culturelles.