Baalbek abrite plusieurs mosquées historiques, notamment la mosquée Ras al-Ain de l'époque mamelouke qui présente des éléments architecturaux islamiques classiques. La ville a été le foyer de communautés musulmanes depuis les premières conquêtes islamiques, sa position le long des anciennes routes commerciales la rendant importante pour l'érudition et la culture islamiques. La communauté musulmane dynamique d'aujourd'hui maintient des traditions séculaires tout en préservant le riche patrimoine islamique de la ville aux côtés de ses célèbres ruines romaines.