Zahedan sert de centre spirituel à la communauté musulmane sunnite d'Iran, en particulier à la population baloutche, avec de nombreuses mosquées reflétant l'architecture islamique traditionnelle. La ville abrite d'importantes institutions religieuses, notamment la Grande Mosquée et des séminaires islamiques qui desservent la région élargie du Sistan-Baloutchestan. En tant que centre majeur pour l'érudition islamique sunnite et la culture en Iran, Zahedan maintient de fortes traditions religieuses et accueille d'importantes assemblées islamiques tout au long de l'année.