کوتا کینابالو دارای معماری اسلامی چشمگیری است از جمله مسجد ایالتی و مسجد شهر، هر دو طراحی مدرن اسلامی را با گنبدهای آبی خیره‌کننده که دریای چین جنوبی نزدیک را منعکس می‌کنند، به نمایش می‌گذارند. این شهر به عنوان یک مرکز مهم اسلامی در صباح رشد کرده است، با پیوندهای تاریخی مهم با سلطنت اسلامی برونئی و اسکان‌های اولیه مسلمان در بورنئوی شمالی. جامعه متنوع مسلمان، شامل مالایی، باجائو و سایر گروه‌های قومی، سنت‌های اسلامی غنی را از طریق جماعات فعال مساجد و مؤسسات آموزشی اسلامی حفظ می‌کند.