بعلبک دارای چندین مسجد تاریخی از جمله مسجد راس العین از دوران ممالیک است که عناصر کلاسیک معماری اسلامی را به نمایش می‌گذارد. این شهر از زمان فتوحات اولیه اسلامی میزبان جوامع مسلمان بوده و موقعیت آن در مسیرهای تجاری کهن آن را برای دانش و فرهنگ اسلامی مهم ساخته است. جامعه پرنشاط مسلمان امروزی سنت‌های قرن‌ها ساله را حفظ می‌کند و در عین حال میراث غنی اسلامی شهر را در کنار آثار معروف رومی آن نگهداری می‌کند.