Fergana verfügt über mehrere historische Moscheen, darunter die schöne Said Ahmad Khoja-Moschee, die traditionelle islamische Architekturelemente des Fergana-Tals zeigt. Die Stadt war jahrhundertelang ein wichtiges islamisches Zentrum und diente als Knotenpunkt für islamische Gelehrsamkeit und Handel entlang der Seidenstraße. Die örtliche muslimische Gemeinschaft praktiziert weiterhin traditionelle islamische Bräuche und pflegt starke Verbindungen zu ihrem reichen islamischen Erbe durch religiöse Feste und kulturelle Traditionen.