Fergana mempunyai beberapa masjid bersejarah termasuk Masjid Said Ahmad Khoja yang cantik, mempamerkan unsur-unsur seni bina Islam tradisional Lembah Fergana. Bandar ini telah menjadi pusat Islam penting selama berabad-abad, berkhidmat sebagai hab untuk keilmuan Islam dan perdagangan di sepanjang Jalan Sutera. Komuniti Muslim tempatan terus mengamalkan adat Islam tradisional dan mengekalkan hubungan yang kuat dengan warisan Islam yang kaya melalui perayaan keagamaan dan tradisi budaya.