Khartoum berfungsi sebagai ibu negara Sudan dan pusat pembelajaran Islam yang utama, menempatkan Fakulti Syariah dan Pengajian Islam yang berprestij di Universiti Khartoum. Bandar ini mempunyai banyak masjid bersejarah termasuk Masjid Besar dan Masjid al-Kabir, mempamerkan seni bina Islam Sudan tradisional dengan menara dan kubah yang tersendiri. Sebagai jantung politik dan agama Sudan, Khartoum mengekalkan identiti Islam yang kuat dengan komuniti Muslim yang bertenaga dan institusi keagamaan yang telah membentuk warisan Islam negara.