Bandar Cotabato berfungsi sebagai pusat Islam utama di Mindanao, rumah kepada Masjid Sultan Haji Hassanal Bolkiah yang indah, salah satu masjid terbesar di Filipina. Bandar ini mempunyai akar Islam yang mendalam sejak berabad-abad lamanya dan dianggap sebagai ibu kota Islam Filipina selatan, dengan populasi majoriti Muslim dari kaum Maguindanao dan kaum-kaum Moro yang lain. Warisan Islam yang kaya di bandar ini jelas kelihatan dalam seni bina tradisionalnya, institusi pendidikan Islam, dan amalan budaya Muslim yang hidup yang telah dipelihara selama beberapa generasi.