Balikpapan mempunyai Pusat Islam Balikpapan yang megah dengan menara berkembar yang tersendiri dan kubah emas, menjadi mercu tanda utama seni bina Islam di Kalimantan Timur. Bandar ini mempunyai majoriti penduduk Muslim yang kuat yang mengekalkan tradisi Islam yang kaya melalui pelbagai masjid, institusi pendidikan Islam, dan perayaan keagamaan yang berterusan. Sebagai bandar minyak utama, Balikpapan telah menarik umat Islam dari seluruh Indonesia, mewujudkan komuniti Islam yang pelbagai yang menyumbang kepada landskap agama dan budaya bandar yang dinamik.