تضم فرغانة عدة مساجد تاريخية بما في ذلك مسجد سعيد أحمد خوجة الجميل، الذي يعرض العناصر المعمارية الإسلامية التقليدية لوادي فرغانة. كانت المدينة مركزاً إسلامياً مهماً لقرون، حيث خدمت كمحور للمنح الدراسية الإسلامية والتجارة على طول طريق الحرير. يواصل المجتمع المسلم المحلي ممارسة العادات الإسلامية التقليدية ويحافظ على روابط قوية مع تراثهم الإسلامي الغني من خلال المهرجانات الدينية والتقاليد الثقافية.