تتميز كوتا كينابالو بالعمارة الإسلامية المثيرة للإعجاب بما في ذلك مسجد الولاية ومسجد المدينة، وكلاهما يعرض التصميم الإسلامي الحديث مع القباب الزرقاء المذهلة التي تعكس بحر الصين الجنوبي القريب. نمت المدينة كمركز إسلامي مهم في صباح، مع روابط تاريخية مهمة بسلطنة بروناي الإسلامية والمستوطنات المسلمة المبكرة في شمال بورنيو. يحافظ المجتمع المسلم المتنوع، بما في ذلك الملايو والباجاو ومجموعات عرقية أخرى، على التقاليد الإسلامية الغنية من خلال جماعات المساجد النشطة والمؤسسات التعليمية الإسلامية.