تضم بعلبك عدة مساجد تاريخية منها مسجد رأس العين من العصر المملوكي الذي يعرض عناصر العمارة الإسلامية الكلاسيكية. كانت المدينة موطناً للمجتمعات المسلمة منذ الفتوحات الإسلامية المبكرة، وموقعها على طرق التجارة القديمة جعلها مهمة للعلوم والثقافة الإسلامية. يحافظ المجتمع المسلم النابض بالحياة اليوم على تقاليد عمرها قرون مع الحفاظ على التراث الإسلامي الغني للمدينة إلى جانب آثارها الرومانية الشهيرة.