تعد زاهدان المركز الروحي لمجتمع المسلمين السنة في إيران، وخاصة البلوش، مع العديد من المساجد التي تعكس العمارة الإسلامية التقليدية. تضم المدينة مؤسسات دينية مهمة منها الجامع الكبير والمدارس الإسلامية التي تخدم منطقة سيستان وبلوشستان الأوسع. كونها مركزاً رئيسياً للعلوم الإسلامية السنية والثقافة في إيران، تحافظ زاهدان على التقاليد الدينية القوية وتستضيف تجمعات إسلامية مهمة على مدار السنة.