تقف الأقصر شاهداً على التراث الإسلامي الغني لمصر، حيث تضم مسجد أبو الحجاج العظيم المبني داخل مجمع معبد الأقصر القديم، رمزاً للمزج المتناغم بين الحضارتين الإسلامية والفرعونية. تحتضن المدينة عدة مساجد تاريخية منها مسجد يوسف أبو الحجاج من القرن الرابع عشر، وهو ولي إسلامي مبجل يجذب احتفال مولده السنوي آلاف الحجاج. تحافظ الجالية المسلمة في الأقصر على التقاليد الثقافية القوية من خلال الممارسات الإسلامية العريقة والمدارس القرآنية والحفاظ على العناصر المعمارية الإسلامية التي تكمل آثار المدينة القديمة.