Kota Kinabalu menampilkan arsitektur Islam yang mengesankan termasuk Masjid Negeri dan Masjid Kota, keduanya menampilkan desain Islam modern dengan kubah biru yang mencolok yang memantulkan Laut Cina Selatan terdekat. Kota ini telah berkembang sebagai pusat Islam penting di Sabah, dengan ikatan sejarah yang signifikan dengan kesultanan Islam Brunei dan pemukiman Muslim awal di Borneo Utara. Komunitas Muslim yang beragam, termasuk Melayu, Bajau, dan kelompok etnis lainnya, mempertahankan tradisi Islam yang kaya melalui jemaah masjid yang aktif dan institusi pendidikan Islam.